INF-BIO9120 – Dypsekvenserings-teknologier og bioinformatisk analyse
Beskrivelse av emnet
Kort om emnet
Emnet gir kunnskap om moderne sekvenserings-teknologier og deres bruksomr?der. Emnet formidler anvendelse av bioinformatiske metoder for analyse av resulterende sekvensdata. Temaer som undervises inkluderer kvantitet- og kvalitetskontroll av data, analyse av mikro-RNA og mRNA-sekvenser, eksom-sekvensering, SNP-identifikasjon, de novo sammenstilling av genomer, og bruk av rammeverkene Galaxy og The Genomic Hyperbrowser i analysene.
Hva l?rer du?
Gjennom dette emnet oppn?r du forst?else for hvordan du analyserer ulike typer genomiske data ved bruk av dypsekvenseringsteknologier:
- Du behersker kvantitet- og kvalitetskontroll av sekvensdata.
- Du kan analysere data fra eksom-sekvensering, mikro-RNA og mRNA-sekvenser.
- Du kan p?vise varianter (SNPs og indels).
- Du har kjennskap til "de novo"-sammenstilling av genomer.
- Du har kompetanse i bruk av rammeverkene Galaxy og The Genomic Hyperbrowser.
- Du har kunnskap om aktuelle metoder.
Opptak og adgangsregulering
Ph.d.-kandidater ved UiO s?ker plass p? undervisningen og melder seg til eksamen i Studentweb.
Hvis emnet har begrenset kapasitet, vil ph.d.-kandidater som har emnet i sin utdanningsplan ved UiO bli prioritert. Noen nasjonale forskerskoler kan ha egne regler for rangering av s?kere til emner med begrenset kapasitet.
Ph.d.-kandidater som har opptak ved andre utdanningsinstitusjoner m? innen angitt frist s?ke om hospitantplass.
Forkunnskaper
Anbefalte forkunnskaper
Det anbefales at studenter fra informatikk har INF4350 og at studenter fra biologi/molekyl?r biovitenskap har MBV3070.
Overlappende emner
5 studiepoeng overlapp mot INF-BIO5120 – Dypsekvenserings-teknologier og bioinformatisk analyse (videref?rt)
Undervisning
Intensivundervisning over to uker midt i h?stsemesteret.
Det kreves oppm?te p? minst 2/3 av undervisningen.
Eksamen
Hjemmeeksamen.
Kandidatene skal ha et tilleggspensum i form av flere metodeartikler og utvidet hjemmeeksamen i form av en ekstra oppgave tilsvarende 20 % st?rre eksamen i forhold til masterversjonen av emnet - INF-BIO5120.
Eksamensspr?k
Du kan besvare eksamen p? norsk, svensk, dansk eller engelsk. S?knad om engelsk oppgavetekst sender du til kontaktpunktet for emnet.
Eksamensoppgavene blir gitt p? engelsk.
Karakterskala
Emnet bruker karakterskala best?tt/ikke best?tt. Les mer om karakterskalaen.
Begrunnelse og klage
Adgang til ny eller utsatt eksamen
Dette emnet tilbyr b?de utsatt og ny eksamen. Les mer:
Trekk fra eksamen
Det er mulig ? ta eksamen i emnet inntil tre ganger. Dersom du trekker deg fra eksamen etter fristen eller under eksamen, bruker du et eksamensfors?k.
Tilrettelagt eksamen
S?knadskjema, krav og frist for tilrettelagt eksamen.