Vi kommer i dette kurset til ? bruke flere numeriske verkt?y til ? bygge intuisjon om fysikken i mangepartikkelsystemer og til ? regne p? konkrete systemer.
Du forventes ? kunne skrive enkle script f.eks. i Python eller andre scripting-spr?k. Du kan finne mer informasjon om dette p? sidene til INF1100.
Vi kommer til ? bruke eksempler fra Open Source Physics prosjektet. Du kan laste ned alle eksemplene ved ? g? til siden for Statistical and Thermal Physics (STP) p? http://stp.clarku.edu/index.html
Vi kommer ogs? til selv ? kj?re Molecular Dynamics simuleringer. Til dette vil du trenge kode som er rask og som kan scriptes enkelt. Vi distribuerer en enkel kode for Lennard-Jones som er parallellisert samt noen script som du kan ta utgangspunkt i. Merk at det krever en god del jobb og innsikt ? lage en kode som er raskere (eller like rask) som denne koden - dette er ikke noe du beh?ver begynne med om du ikke er spesielt interessert.
Dessuten kan du p? egenh?nd installere og bruke ferdige programpakker. Jeg anbefaler ? bruke en av f?lgende
- LAMMPS
- NAMD
- Gromacs
Disse finner du ved et enkelt s?k p? nettet. Pakkene er i prinsippet enkle ? installere og bruke, men det kan kreve litt arbeid ? komme i gang.
For visualisering av atom-systemer anbefaler jeg VMD eller Ovito, som ogs? er open-source og kan lastes ned og installeres p? din egen maskin.
Dersom du kj?rer MD p? din egen maskin b?r du nok begrense deg til systemer med mindre enn 10.000 atomer om du bruker den parallelle koden. For st?rre prosjekter f.eks. i Grand Challenge prosjektet vil vi gj?re kj?ringer p? store paralllell-maskiner.