INF-BIO5120 – Dypsekvenserings-teknologier og bioinformatisk analyse
Beskrivelse av emnet
Kort om emnet
Emnet gir kunnskap om moderne sekvenserings-teknologier og deres bruksomr?der. Emnet formidler anvendelse av bioinformatiske metoder for analyse av resulterende sekvensdata. Temaer som undervises inkluderer kvantitet- og kvalitetskontroll av data, analyse av mikro-RNA og mRNA-sekvenser, eksom-sekvensering, SNP-identifikasjon, de novo sammenstilling av genomer, og bruk av rammeverkene Galaxy og The Genomic Hyperbrowser i analysene.
Hva l?rer du?
Gjennom dette emnet oppn?r du forst?else for hvordan du analyserer ulike typer genomiske data ved bruk av dypsekvenseringsteknologier:
- Du behersker kvantitet- og kvalitetskontroll av sekvensdata.
- Du kan analysere data fra eksom-sekvensering, mikro-RNA og mRNA-sekvenser.
- Du kan p?vise varianter (SNPs og indels)
- Du har kjennskap til de novo-sammenstilling av genomer.
- Du har kompetanse i bruk av rammeverkene Galaxy og The Genomic Hyperbrowser.
Opptak og adgangsregulering
Studenter m? hvert semester s?ke og f? plass p? undervisningen og melde seg til eksamen i Studentweb.
Dersom du ikke allerede har studieplass ved UiO, kan du s?ke opptak til v?re studieprogrammer, eller s?ke om ? bli enkeltemnestudent.
Maksimalt 15 deltakere p? INF-BIO5120 og INF-BIO9120 til sammen.
Rangeringsregler:
1) Ph.d.-studenter som har dette emnet som obligatorisk del av utdanningsplan
2) Masterstudenter ved MN-fakultetet som har dette emnet som godkjent i sin studieplan
3) Masterstudenter ved MN-fakultetet
4) Andre
Forkunnskaper
Anbefalte forkunnskaper
Det anbefales at studenter fra informatikk har INF4350 og at studenter fra biologi/molekyl?r biovitenskap har MBV3070.
Overlappende emner
5 studiepoeng overlapp mot INF-BIO9120 – Dypsekvenserings-teknologier og bioinformatisk analyse (videref?rt)
Undervisning
Intensivundervisning over to uker midt i h?stsemesteret.
Det kreves oppm?te p? minst 2/3 av undervisningen.
Eksamen
Hjemmeeksamen.
Eksamensspr?k
Du kan besvare eksamen p? norsk, svensk, dansk eller engelsk. S?knad om engelsk oppgavetekst sender du til kontaktpunktet for emnet.
Eksamensoppgavene blir gitt p? engelsk.
Karakterskala
Emnet bruker karakterskala best?tt/ikke best?tt. Les mer om karakterskalaen.
Begrunnelse og klage
Adgang til ny eller utsatt eksamen
Dette emnet tilbyr b?de utsatt og ny eksamen. Les mer:
Trekk fra eksamen
Det er mulig ? ta eksamen i emnet inntil tre ganger. Dersom du trekker deg fra eksamen etter fristen eller under eksamen, bruker du et eksamensfors?k.
Tilrettelagt eksamen
S?knadskjema, krav og frist for tilrettelagt eksamen.