| Dato | Undervises av | Sted | Tema | Kommentarer / ressurser |
| 17.01.2005 | Ole Christian Lingj?rde? | Lille Auditorium, Informatikkbygget? | Introduksjon og oversikt over kurset? | Hva er bioinformatikk og hva kan det brukes til? Dette er sp?rsm?l du f?r svar p? i denne forelesningen.? |
| 24.10.2005 | Hege Leite St?rvold? | Lille Auditorium, Informatikkbygget? | Biologisk grunnlag? | Forelesningen gir en kort innf?ring i klassisk genetikk og de molekyl?rgenetiske mekanismene som ligger til grunn for denne. Vi ser ogs? p? genetiske kart og prinsippet for konstruksjon av slike.? |
| 31.01.2005 | Hege Leite St?rvold? | Lille Auditorium, Informatikkbygget? | Genomkart? | Vi ser mer p? genetisk avstand og genetiske kart. Deretter skal vi se p? fysisk avstand og fysiske kart, samt integrerte genomkart. Til slutt skal vi se hvordan man via internett kan f? tak i integrerte genomkart for en rekke organismer, og hvordan vi kan f? posisjonert egne sekvensdata p? slike kart. Noen av de vanligste formatene for sekvensdata blir beskrevet.? |
| 07.02.2005 | Ole Christian Lingj?rde? | Lille Auditorium, Informatikkbygget? | Introduksjon til sekvensanalyse? | Forelesningen gir f?rst et raskt overblikk over noen av de vanligst brukte sekvensdatabasene. En av de vanligste operasjonene er ? s?ke etter homologe sekvenser. Sekvensene kan v?re nukleotidsekvenser (DNA eller RNA) eller aminosyresekvenser (proteiner). Vi ser p? en grafisk metode for sammenstilling: punktplott.? |
| 14.02.2005 | Ole Christian Lingj?rde? | Lille Auditorium, Informatikkbygget? | Algoritmer for optimale parvise sammenstillinger? | Vi ser p? scorefunksjoner og en algoritme basert p? dynamisk programmering som finner den optimale globale sammenstillingen av to sekvenser (Needleman-Wunsch algoritmen).? |
| 21.02.2005 | ? | ? | Arbeid med oblig 1? | Ingen undervisning denne uken. Arbeid med oblig 1.? |
| 28.02.2005 | Ole Christian Lingj?rde? | Lille Auditorium, Informatikkbygget? | Mer om optimale parvise sammenstillinger? | Vi ser p? optimale sammenstillinger med uline?r scorefunksjon og lokale sammenstillinger med Smith-Waterman algoritmen. Vi ser ogs? p? begrepet signifikant sammenstilling.? |
| 07.03.2005 | Ole Christian Lingj?rde? | Lille Auditorium, Informatikkbygget? | BLAST? | Ofte ?nsker biologene ? gj?re tusenvis av sekvenssammenstillinger p? en gang. Da blir Needleman-Wunsch og Smith-Waterman fort for trege. Andre metoder som ikke n?dvendigvis finner den aller beste sammenstillingen kan da v?re aktuelle alternativer. Vi skal se p? en slik metode, som g?r under navnet BLAST.? |
| 14.03.2005 | ? | ? | UNDERVISNINGSFRI UKE? | Denne uken er det ingen forelesning eller gruppeundervisning.? |
| 21.03.2005 | ? | ? | P?SKEFERIE? | ? |
| 28.03.2005 | ? | ? | P?SKEFERIE? | ? |
| 04.04.2005 | Hege Leite St?rvold? | Lille Auditorium, Informatikkbygget? | Mikromatriser (del 1)? | Et gen er aktivt (eller "uttrykt") n?r det blir transkribert og translatert til et protein. Graden av aktivitet til et gen kalles genets ekspresjon. Ekspresjonen kan variere over tid, og i flercellede organismer vil ekspresjonen ogs? variere fra celletype til celletype. Gener som er aktive i en levercelle er ikke n?dvendigvis aktive i en hjernecelle. Med moderne teknikker - mikroarrayer - kan man m?le ekspresjonen til tusenvis av gener samtidig.? |
| 11.04.2005 | Ole Christian Lingj?rde? | Lille Auditorium, Informatikkbygget? | Mikromatriser (del 2)? | I denne forelesningen ser vi n?rmere p? hvordan man kan visualisere, tolke og forst? ekspresjonsdata.? |
| 18.04.2005 | Ole Christian Lingj?rde? | Lille Auditorium, Informatikkbygget? | Multiple sammenstillinger og fylogeni.? | Forelesningen gir en f?rste innf?ring i fylogenetiske metoder. Dette er metoder som har til hensikt ? avdekke evolusjon?re forhold mellom organismer. ? |
| 25.04.2005 | Ole Christian Lingj?rde? | Lille auditorium, informatikkbygget? | Multiple sammenstillinger og fylogeni.? | Mer om fylogenetiske analyser.? |
| 02.05.2005 | Hege Leite St?rvold? | Lille auditorium, Informatikkbygget? | S?king etter gener? | Vi ser p? metoder for ? s?ke etter gener og genrelaterte omr?der (promotere etc) i en genomsekvens.? |
| 09.05.2005 | Ole Christian Lingj?rde? | Lille Auditorium, Informatikkbygget? | Eksamen V2004? | Vi g?r gjennom eksamensoppgaven som ble gitt v?ren 2004.? |
| 16.05.2005 | ? | ? | UNDERVISNINGSFRI? | Fri pga pinse? |
| 23.05.2005 | Hege Leite St?rvold og Ole Christian Lingj?rde? | Lille Auditorium, Informatikkbygget? | Avslutning? | Oppsummering av pensum. Svar p? sp?rsm?l fra hele pensum.? |
Undervisningsplan
Publisert 3. des. 2004 14:03
- Sist endret 9. mai 2005 19:09